La exposición permanente se divide en 7 dioramas (módulos para la exhibición en un museo), donde se exponen diferentes grupos:
Fósiles y Rocas
Podrá observar diferentes rocas, unas de origen volcánico, rocas metamórficas creadas por acción de altas temperaturas y fuertes presiones y rocas sedimentarias resultado de diferentes procesos de sedimentación. Al mismo tiempo se observa una quijada de mastodonte, peces, madera petrificada y gran variedad de organismos acuáticos fosilizados como los trilobites y gasterópodos.
Figura 1:Fósil de Pez
Invertebrados
El MHN cuenta con organismos como las estrellas, galletas y pepinos de mar, los cuales pertenecen al grupo de los Equinodermos. Pero también se pueden observar ejemplares que se encuentran en el grupo de los Cnidarios como ser los corales, los cuales forman la base para un ecosistema llamado “Arrecife de Coral”.
Figura 2: Concha de Caracol
Peces
La exhibición del MHN tiene una sección dedicada a los peces en la cual se puede observar desde la anatomía de un Tiburón Martillo hasta algunas especies de rayas que encontramos en las costas hondureñas. También se cuenta con organismos pertenecientes al grupo de los peces óseos, como algunos peces de la costa atlántica y especies de agua dulce como el “Tepemechin” que habita en algunos ríos de Honduras.
Figura 3: Esqueleto de Pez Espada
Anfibios y Reptiles
Se muestran especies representativas de especies de anfibios que posee el territorio nacional entre ellos sapos, ranas, salamandras y cecilias. También se puede observar los reptiles hondureños representados en lagartijas, tortugas, cocodrilos, caimanes y serpientes.
En el MHN podrán observar ejemplares disecados de las cinco tortugas marinas que llegan a las costas de Honduras, la rana más grande del territorio; esqueletos, mudas y pieles de serpientes así como ejemplares vivos de las mismas, cráneos de cocodrilo y un ejemplar de 3 metros de largo.
Figura 4:Cráneo de cocodrilo
Aves
Honduras cuenta con una variedad de aves que usualmente son muy atractivas por sus colores llamativos, aves migratorias que son nativas de otro país y que en cierta temporada de el año llegan a Honduras en búsqueda de condiciones ideales para su reproducción y/o alimentación. El museo cuenta con 94 aves para exposición que representan los principales grupos de Honduras y diversos habitáculos
Figura 5: Pato
Mamíferos
Posee los esqueletos de múltiples mamíferos marinos entre los que esta el esqueleto de la ballena gris, este constituye uno de los más importantes tesoros del museo, así mismo cuenta con el esqueleto de un oso pardo de más de dos metros de alto y recientemente el museo dio la bienvenida a Sultán, un tigre de bengala adulto.
Figura 6: Tigre de Bengala
Ecosistemas de Honduras
El MHN tiene en exposición la representación de diferentes ecosistemas de Honduras, entre estos tenemos al bosque tropical lluvioso que se caracteriza por tener precipitaciones mayores a los 2000 milímetros al año. El bosque seco importante por las especies de flora y fauna que encontramos, en especial por ser el hábitat del única ave endémica del país, el colibrí esmeralda catracho. Tenemos una muestra de la distribución de las 7 especies de pino encontrados en Honduras, El bosque de mangle también es representado y nos muestra variedad de especies que lo conforman, muchas de estas especies son de mucha importancia para las poblaciones locales.
Figura 7: Exposición Arrecife de Coral