Los objetivos del MHN-CU se resumen en:
- Educación
Esta se cumple mediante las charlas magistrales en la interpretación de la colección de exposición para escuelas, colegios y algunas asignaturas generales a nivel universitario. Al mismo tiempo se cumple con la asesoría académica dada a los estudiantes de PPS ó tesis de licenciatura de la carrera de biología, o bien, tesistas de otras facultades de la UNAH.
- Vinculación
Este aspecto se cumple en el desarrollo de los museos móviles, talleres y charlas en comunidades o regiones rurales. Así como los procesos de apoyo a las ONGs, empresas privadas, gubernamentales que están en pro a la ecología y medio ambiente.
- Investigación
Este tercer objetivo se aborda en el constante proceso de investigaciones científicas llevado a cabo por el equipo de trabajo, voluntarios e investigadores asociados del MHN-CU.